南京醫(yī)科大學(xué)創(chuàng)建于1934年，時名江蘇省立醫(yī)政學(xué)院。1957年，由鎮(zhèn)江遷至南京，更名為南京醫(yī)學(xué)院。1962年，被列為全國首批六年制醫(yī)藥院校。1981年，被批準(zhǔn)為全國首批博士、碩士學(xué)位授予單位。1993年，更名為南京醫(yī)科大學(xué)。南京醫(yī)科大學(xué)是江蘇省屬重點建設(shè)高校。2015年9月，獲準(zhǔn)成為首批教育部、國家衛(wèi)生計生委與省政府共建醫(yī)學(xué)院校。
南京醫(yī)科大學(xué)設(shè)有16個學(xué)院（部）和1個獨立學(xué)院——康達學(xué)院。在江蘇、上海、浙江、山東等地?fù)碛?4所附屬醫(yī)院和50多所教學(xué)醫(yī)院。南京醫(yī)科大學(xué)現(xiàn)有在職教職工1700多人，其中南京醫(yī)科大學(xué)編制專任教師853人。有教授188人、副教授252人，有博士生導(dǎo)師587人、碩士生導(dǎo)師2014人（含附屬醫(yī)院）。南京醫(yī)科大學(xué)現(xiàn)有中國工程院院士1名，美國國家醫(yī)學(xué)院外籍院士1名，“長江學(xué)者”特聘教授3名，“長江學(xué)者獎勵計劃”青年學(xué)者2 位，國家“萬人計劃”百千萬工程領(lǐng)軍人才1人，國家“千人計劃”9人，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者8人，優(yōu)秀青年基金獲得者8人，國家級教學(xué)名師1人，入選“教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計劃”7人， “國家級教學(xué)團隊”3個，教育部“創(chuàng)新團隊”1個。南京醫(yī)科大學(xué)是江蘇省高層次人才培養(yǎng)計劃——“333工程”培訓(xùn)基地。
南京醫(yī)科大學(xué)現(xiàn)有一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點8個（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、特種醫(yī)學(xué)、護理學(xué)、人文醫(yī)學(xué)）、二級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點50個；一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點11個、二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點73個；博士后科研流動站7個，學(xué)位授權(quán)點已覆蓋醫(yī)學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、管理學(xué)、法學(xué)、教育學(xué)和文學(xué)等7個學(xué)科門類；擁有3個國家重點學(xué)科、1個國家重點培育學(xué)科、28個國家臨床重點專科、2個江蘇省一級學(xué)科重點學(xué)科、3個江蘇省一級學(xué)科重點培育學(xué)科。臨床醫(yī)學(xué)、分子生物學(xué)與遺傳學(xué)、生物學(xué)與生物化學(xué)、神經(jīng)科學(xué)與行為學(xué)、藥理學(xué)和毒理學(xué)、免疫學(xué)、一般社會科學(xué)7個學(xué)科進入ESI全球排名前1%?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)是江蘇省高校優(yōu)勢學(xué)科。
南京醫(yī)科大學(xué)設(shè)有24個本科專業(yè)和3個“5+3”本碩一體化專業(yè)。目前，在校生總數(shù)為1.4萬多人，已形成從本科生、研究生到博士后，從全日制到成人教育、留學(xué)生教育全方位、多層次的教育體系。
南京醫(yī)科大學(xué)現(xiàn)有1個國家重點實驗室、1個國家級國際聯(lián)合研究中心、4個部級重點實驗室、20個省級重點實驗室（工程中心）?！笆濉币詠恚暇┽t(yī)科大學(xué)的科研水平不斷躍升，承擔(dān)了多項國家“863”、“973”項目，獲得國家自然科學(xué)基金項目不斷實現(xiàn)新突破，發(fā)表的SCI論文數(shù)量及論文影響因子均明顯增長。2017年，我校獲得292項國家自然科學(xué)基金項目，項目數(shù)位居獨立設(shè)置醫(yī)科大學(xué)第1位。連續(xù)多年被評為“江蘇省科技工作先進高校”。
南京醫(yī)科大學(xué)現(xiàn)已建成5門國家級精品課程，4門國家級精品資源共享課 ，有5個國家級特色專業(yè)、5個省級特色專業(yè)、4個省級品牌專業(yè)、2個國家級雙語教學(xué)示范課程；建成2個國家級實驗教學(xué)示范中心、1個國家級虛擬仿真實驗教學(xué)中心、12個省級實驗教學(xué)示范中心、19個中央和地方財政共建高校教學(xué)實驗室、有1個國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新試驗區(qū)。主編6部國家“十二五”規(guī)劃教材。南京醫(yī)科大學(xué)通過教育部臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)認(rèn)證，得到8年最長認(rèn)證周期。南京醫(yī)科大學(xué)的招生和就業(yè)工作受到社會各界的好評，就業(yè)率始終保持在95%以上，多次被評為“江蘇省畢業(yè)生就業(yè)工作先進集體”。
南京醫(yī)科大學(xué)設(shè)有兩個校區(qū)（江寧校區(qū)和五臺校區(qū)）。江寧校區(qū)位于南京市江寧區(qū)大學(xué)城，占地面積1300畝，是行政、教學(xué)和科研中心。五臺校區(qū)位于南京市鼓樓區(qū)五臺山南麓，占地120畝，是臨床教學(xué)和研究中心。南京醫(yī)科大學(xué)圖書館有紙質(zhì)圖書113萬余冊、中、外文電子圖書540萬余冊，中、外文全文電子期刊約2.5萬余種，是江蘇省醫(yī)學(xué)圖書中心館和高校文獻保障系統(tǒng)醫(yī)學(xué)文獻中心。南京醫(yī)科大學(xué)主辦有11種學(xué)術(shù)期刊。
近年來，南京醫(yī)科大學(xué)廣泛開展對外交流活動，積極與國內(nèi)外的高等院校建立形式多樣的聯(lián)系與合作。南京醫(yī)科大學(xué)與美國、加拿大、澳大利亞、瑞典、日本、臺灣、香港等國家和地區(qū)的醫(yī)學(xué)院校或科研機構(gòu)建立了雙邊合作、學(xué)術(shù)交流關(guān)系。南京醫(yī)科大學(xué)于2002年恢復(fù)招收留學(xué)生和港澳臺學(xué)生，現(xiàn)有在校留學(xué)生和港澳臺學(xué)生500多人。
進入“十三五”，全校師生醫(yī)護員工凝心聚力、統(tǒng)籌施策、開拓創(chuàng)新、改革攻堅，全面啟動實施“十三五”發(fā)展規(guī)劃，努力把南京醫(yī)科大學(xué)建成國際知名、特色鮮明的高水平研究型醫(yī)科大學(xué)。
